В ИСЭ СО РАН работают два диссертационных совета по защите докторских и кандидатских диссертаций:
Диссертационный совет 24.1.115.02 (Д 003.031.01)
(председатель – РАТАХИН Николай Александрович, д.ф.-м.н., академик РАН)
Диссертационный совет 24.1.115.01 (Д 003.031.02)
(председатель – КОВАЛЬ Николай Николаевич, д.т.н.)